當燃料電池監控系統工作在方式1時，監控系統的程序為存儲在EEROM內的8051單片機程序，通過I2C總線，將存儲在EEROM內的程序下載到AN2131QC的程序RAM區。程序主要完成數據的采集、分析和保存。另外，當燃料電池出現故障時，向控制系統發送關機命令。

監控系統不僅要采集燃料電池輸入的狀態和控制系統輸出的控制量，還要采集控制系統本身軟硬件的運行信息，確保控制系統本身運行正常。

根據采集到的燃料電池的數據，需要確定是否處于8種故障狀態中的一個或幾個。燃料電池的故障狀態如下：

1.水溫度報警。當水溫度>65℃時，關機。

2.電壓報警：當電壓<120V時，關機。

3.電流報警。當電流>120A時，關機。

4.氫氣壓力報警。當氫氣壓力<10kPa或>100kPa時，關機。

5.水流量報警。當水流量<5L/min時，關機。

6.功率報警：當電流<10A，同時電壓<150V時，關機。

7.氫氣報警。當有氫氣泄漏時，關機。

8.水箱水位報警。當水位低于報警水位時，關機。

當監控系統在方式2工作時，8051單片機程序是以驅動程序的形式存儲在筆記本電腦里，通過USB總線將存儲在電腦里的程序下載到AN2131QC的程序RAM區。當單片機程序檢測到控制系統沒有工作時，程序通過I2C總線將保存在EEROM內的數據取出，通過USB總線發送給筆記本電腦；當監測到控制系統處于工作狀態時，程序除了進行必要的故障報警外，還要將從控制系統采集到的任何數據，不停地發送給筆記本電腦。